办理港澳通行证会查阅案底，属于被判处刑罚尚未执行完毕或者属于刑事案件被告人、犯罪嫌疑人的等情形的依法不予批准，但不是所有的案底对办证都会有影响。法律依据：《中华人民共和国出入境管理法》第十二条 中国公民有下列情形之一的，不准出境：（一）未持有效出境入境证件或者拒绝、逃避接受边防检查的；（二）被判处刑罚尚未执行完毕或者属于刑事案件被告人、犯罪嫌疑人的；（三）有未了结的民事案件，人民法院决定不准出境的；（四）因妨害国（边）境管理受到刑事处罚或者因非法出境、非法居留、非法就业被其他国家或者地区遣返，未满不准出境规定年限的；（五）可能危害国家安全和利益，国务院有关主管部门决定不准出境的；（六）法律、行政法规规定不准出境的其他情形。